紅白錦鯉皮膚轉錄組測序分析
關鍵詞：紅白錦鯉 轉錄組 高通量測序 皮膚
摘要：為進一步開發(fā)紅白錦鯉Cyprinus carpio haematopterus膚色基因資源,采用Illumina PE150高通量測序技術對體長為(28.34±3.12)cm的紅白錦鯉的白色和紅色皮膚組織進行了轉錄組測序,獲得116.26 Gb Clean Date,并與Nr、GO、KEGG、KOG、Pfam、Swiss-Prot、eggNOG等7個數據庫進行BLAST信息比對,共獲得10 476個注釋基因。結果表明:Nr數據庫注釋成功比例最高,為35.62%;通過功能、通路富集分析,差異基因富集在包括激動蛋白細胞骨架調節(jié)/黏著斑通路在內的132個代謝途徑;隨機選取9個差異基因進行qRT-PCR驗證發(fā)現,紅白錦鯉皮膚差異表達基因的表達趨勢與RNA-seq定量結果一致,表明轉錄組測序結果是可靠的。本研究中獲得的轉錄組數據可為今后觀賞魚膚色關鍵基因開發(fā)及功能分析等研究提供基礎數據。
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