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基于高通量測(cè)序的棉花InDel標(biāo)記開發(fā)及其應(yīng)用
關(guān)鍵詞：棉花 重測(cè)序 indel標(biāo)記 品種鑒定
摘要：【目的】獲得可以用于棉花品種鑒定和純度檢測(cè)的二態(tài)性InDel標(biāo)記,提高棉花種子的檢驗(yàn)精確度和效率,為棉花的分子育種發(fā)揮作用。【方法】基于來(lái)源不同的121份棉花全基因組信息,根據(jù)高多態(tài)性信息含量篩選多態(tài)性高的InDel位點(diǎn),開發(fā)二態(tài)性InDel標(biāo)記,并在我國(guó)66個(gè)棉花品種的遺傳距離分析和聚類分析中進(jìn)行應(yīng)用。【結(jié)果】基于121份棉花的二代測(cè)序數(shù)據(jù)獲得10967個(gè)InDel位點(diǎn),合成了85對(duì)InDel引物,選擇其中有效引物64對(duì),其中At亞組的特異引物35對(duì)、Dt亞組特異引物29對(duì),At、Dt亞組染色體的平均最小等位頻率分別為0.45、0.32,多態(tài)信息含量分別為0.49、0.40;所用的66個(gè)棉花品種的遺傳距離范圍是0.04~0.65cM(厘摩),平均為0.39cM,遺傳距離最大的2個(gè)品種是泗棉3號(hào)和中棉所36,遺傳距離最小的是徐棉18和徐雜3號(hào)?！窘Y(jié)論】開發(fā)的64個(gè)棉花二態(tài)性InDel標(biāo)記能有效地通過(guò)揭示品種間的遺傳距離反映品種之間的親緣關(guān)系,區(qū)分來(lái)源不同的棉花品種,具有一定的理論意義和應(yīng)用價(jià)值。
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