購物車(0)
基于RAD-seq技術(shù)的鵝掌楸基因組SNP標記開發(fā)
關(guān)鍵詞：北美鵝掌楸 鵝掌楸 snp標記 遺傳連鎖圖譜
摘要：【目的】開發(fā)大量可靠的SNP標記,為鵝掌楸高密度遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建和基于基因組的林木選擇育種提供分子基礎(chǔ)?！痉椒ā繌谋泵砾Z掌楸NK基因型為母本、鵝掌楸LS基因型為父本的F1代雜交群體中,選取198株個體為作圖群體。用限制性內(nèi)切酶EcoR I對包括2個親本和198個子代在內(nèi)的200個單株的基因組DNA進行酶切,構(gòu)建RAD(restriction-site associated DNA)文庫并進行RAD-seq測序。采用讀長為91 bp的雙末端測序。2個親本的平均測序深度為2×,198個子代的平均測序深度為0.8×,平均產(chǎn)量為1.94 Gb,共獲得約387.21 Gb數(shù)據(jù)。用Stacks軟件將每個樣品的RAD-reads作生物信息學分析,對候選位點進行卡方檢驗和缺失率檢驗,再將符合孟德爾遺傳的標記及與之相對應(yīng)的RAD-tag序列和鵝掌楸參考基因組序列進行比對。最后,從本研究開發(fā)的SNP標記中選取27個候選SNP位點,設(shè)計引物,對隨機挑選的16個F1代進行PCR擴增并將結(jié)果進行測序,同時驗證SNP的有效性。【結(jié)果】從候選群體中共鑒定到22 019個SNP位點,符合孟德爾遺傳規(guī)律的標記為4 233個,最終獲得3 501個候選SNP標記。SNP驗證中,共有293個SNP標記完成測序并能判讀結(jié)果,所有位點都為SNP位點,共有194(66.2%)個SNP變異類型得到了驗證。【結(jié)論】基于RAD-seq技術(shù)和鵝掌楸參考基因組序列為基礎(chǔ)的策略,能夠作為一種快速有效的手段,實現(xiàn)大規(guī)模的分子標記開發(fā),可用于鵝掌楸等林木的高密度遺傳圖譜的構(gòu)建。
南京林業(yè)大學學報·自然科學版雜志要求:
{1}引言言簡意賅，突出重點。不應(yīng)過多敘述同行熟知及教科書中的常識性內(nèi)容，引言作為論文的開端，主要回答“為什么研究”這一問題。
{2}文稿務(wù)求論點明確、文字精練、數(shù)據(jù)可靠。
{3}參考文獻：用于說明引文的出處，采用文末注的形式。注號：用“[1]、[2]、[3]……”。
{4}關(guān)鍵詞：中文和英文關(guān)鍵詞，一般要求6 ～ 8 個，放在中英文摘要后。
{5}屬于基金資助項目或立項課題的來稿，請注明項目或課題名稱、編號，多項基金項目應(yīng)依次列出。
注：因版權(quán)方要求，不能公開全文，如需全文，請咨詢雜志社
