龍眼體胚發(fā)生過程中RNA甲基化相關(guān)基因全基因組鑒定及表達分析
關(guān)鍵詞：龍眼 rna 甲基化相關(guān)基因 龍眼體胚發(fā)生早期 生物信息學(xué)分析
摘要：為了解龍眼RNA甲基化相關(guān)基因的生物學(xué)功能,本研究基于基因組和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),采用生物信息學(xué)分析方法,進行龍眼基因組RNA甲基化相關(guān)基因成員鑒定,蛋白結(jié)構(gòu)域及特性分析,分子進化樹分析,體胚發(fā)生過程和組織器官基因表達水平分析以及ABA處理下的定量表達分析。結(jié)果顯示:龍眼中有7個參與RNA甲基化過程中的關(guān)鍵基因,包括5個RNA甲基轉(zhuǎn)移酶基因和2個去RNA甲基化酶基因;各成員內(nèi)含子數(shù)量差別較大,為4~28個不等;進化樹分析顯示,龍眼RNA甲基轉(zhuǎn)移酶和去甲基化酶蛋白與甜橙親緣關(guān)系最近;蛋白結(jié)構(gòu)域分析顯示,RNA甲基化相關(guān)酶具有保守的蛋白結(jié)構(gòu)域;龍眼RNA甲基化相關(guān)基因啟動子區(qū)域中主要含有光響應(yīng)功能元件、激素響應(yīng)功能元件、脅迫響應(yīng)功能元件和分生組織表達響應(yīng)元件,推測RNA甲基化相關(guān)基因可能對植物的生長發(fā)育和適應(yīng)不良環(huán)境有一定調(diào)節(jié)作用;RNA甲基化相關(guān)基因部分成員在龍眼體胚不同發(fā)生階段和不同組織器官中的表達有明顯區(qū)別,推測龍眼RNA甲基化相關(guān)基因可能參與不同體胚發(fā)育階段和組織器官形態(tài)建成;不同濃度ABA處理下,龍眼EC中RNA甲基化相關(guān)基因的表達情況各異,其中DlVIR、DlALKBH10B和DlMTB的相對表達量受到一定的抑制作用,而DlFIP37則呈現(xiàn)上調(diào)表達,暗示龍眼RNA甲基化相關(guān)基因參與激素響應(yīng)途徑。本研究表明,龍眼RNA甲基化相關(guān)基因除了可能在葉的形成、花的發(fā)育和植株的形態(tài)建成等方面發(fā)揮重要的作用外,還可能參與調(diào)控胚胎發(fā)育和響應(yīng)非生物脅迫,推測龍眼RNA甲基化相關(guān)基因成員在功能上具有差異性和多樣性。
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