利用長(zhǎng)距離PCR擴(kuò)增國(guó)內(nèi)腸道病毒流行株基因組方法的建立和評(píng)價(jià)
關(guān)鍵詞：手足口病 腸道病毒 二代測(cè)序 全基因組
摘要：目的:通過(guò)調(diào)查近年來(lái)我國(guó)腸道病毒EV-71型和柯薩奇病毒A16型流行株的全基因組序列,建立一種能夠獲得我國(guó)腸道病毒序列的通用擴(kuò)增方法,為今后的手足口病流行病學(xué)分析、致病機(jī)理研究等打下基礎(chǔ)。方法:收集我國(guó)近5年各地報(bào)道的腸道病毒流行株全基因組序列作為參考序列進(jìn)行比對(duì)分析,在保守區(qū)設(shè)計(jì)通用引物,利用3'RACE、長(zhǎng)距離PCR擴(kuò)增及簡(jiǎn)并引物擴(kuò)增腸道病毒全基因組序列,采用IonTorrentPGM二代測(cè)序儀對(duì)擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行深度測(cè)序,以對(duì)擴(kuò)增方法進(jìn)行驗(yàn)證和評(píng)價(jià)。結(jié)果:通過(guò)比對(duì)腸道病毒流行株序列設(shè)計(jì)了通用擴(kuò)增引物,經(jīng)二代測(cè)序?qū)嶒?yàn)獲得了腸道病毒全基因組序列;以系列比例模擬混合病毒感染,該擴(kuò)增方法能夠同時(shí)獲得2株腸道病毒的全基因組序列;能夠完整地揭示腸道病毒重組情況。結(jié)論:建立了針對(duì)我國(guó)近年來(lái)腸道病毒流行株的通用全基因組擴(kuò)增方法,在病毒培養(yǎng)液中腸道病毒的提取與擴(kuò)增中顯示了較高的靈敏度,能夠反映混合病毒感染、重組病毒的情況。
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