合作豬IFN-β基因編碼區(qū)克隆及生物信息學(xué)分析
關(guān)鍵詞：合作豬 克隆 生物信息學(xué)分析
摘要：克隆合作豬干擾素β(Interferon-beta,IFN-β)基因的編碼區(qū)序列(Coding region sequence,CDS),預(yù)測(cè)分析其結(jié)構(gòu)與功能。以NCBI/GenBank中豬IFN-β(登錄號(hào):NM_001003923.1)的序列設(shè)計(jì)特異性引物,通過(guò)TA克隆技術(shù)得到合作豬IFN-β基因完整CDS區(qū),用生物信息學(xué)方法對(duì)其進(jìn)行分析。結(jié)果表明,合作豬IFN-β基因CDS區(qū)全長(zhǎng)561 bp,編碼186個(gè)氨基酸,與參考序列相比,其編碼區(qū)的第177位點(diǎn)處的C突變?yōu)門(mén),為同義突變。分子質(zhì)量約為21.95 ku,理論等電點(diǎn)(PI)為4.93,不穩(wěn)定系數(shù)為62.91,平均疏水性為-0.172;二級(jí)結(jié)構(gòu)主要由α-螺旋和無(wú)規(guī)則卷曲構(gòu)成,三級(jí)結(jié)構(gòu)與二級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)基本一致。合作豬與巴馬豬、梅山豬和疣豬IFN-β核酸序列的相似性為99.47%、99.82%和98.75%。進(jìn)化樹(shù)結(jié)果表明,合作豬與梅山豬親緣關(guān)系最近。合作豬IFN-β屬于干擾素ab超家族,是不穩(wěn)定的酸性親水性蛋白,含有信號(hào)肽和跨膜區(qū)。
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