膿毒癥患者中性粒細胞差異表達基因及信號通路的生物信息學分析
關(guān)鍵詞：膿毒癥 中性粒細胞 差異表達基因 關(guān)鍵基因 蛋白相互作用網(wǎng)絡
摘要：目的尋找膿毒癥患者中性粒細胞中發(fā)生差異變化的致病相關(guān)基因及關(guān)鍵通路。方法從基因表達匯編(GEO)數(shù)據(jù)庫下載GSE6535、GSE49755、GSE49756、GSE49757,其中包含143個實驗組樣本及65個對照組樣本的基因芯片數(shù)據(jù)。采用R軟件的相關(guān)程序包篩選鑒定出中性粒細胞差異表達基因(DEG)。通過兩兩交集,得到共93個DEG,進一步用DAVID、STRING及Cytoscape里的ReactomeFIPlugIn和Cytohubba應用程序等多種方法進行基因功能和通路富集分析、PPI網(wǎng)絡分析和關(guān)鍵基因分析。結(jié)果確定中性粒細胞最重要的關(guān)鍵DEG,包括Toll樣受體2(TLR2)、原癌基因SRC、基質(zhì)金屬蛋白酶9(MMP9)、白細胞介素1受體2(IL1R2)、抑制蛋白β1(ARRB1)、白細胞介素1受體相關(guān)激酶3(IRAK3)、白細胞介素18受體1(IL18R1)、白細胞介素18受體相關(guān)蛋白(IL18RAP)、絲氨酸/蘇氨酸激酶17b(STK17B);發(fā)現(xiàn)了一些涉及膿毒癥患者致病相關(guān)的通路以及免疫相關(guān)的生物學過程。結(jié)論這些基因可能通過多種信號通路引起膿毒癥的發(fā)生發(fā)展。
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