云南不同地區(qū)蜘蛛蘭上朱頂紅褪綠環(huán)斑病毒RNAS序列分析
關鍵詞：蜘蛛蘭 番茄斑萎病毒屬 朱頂紅褪綠環(huán)斑病毒 突變 重組
摘要：朱頂紅褪綠環(huán)斑病毒（Hippeastrum chlorotic ringspot virus，HCRV）是2013年首次發(fā)現并報道的番茄斑萎病毒屬（Tospovirus）的新種，該病毒可引起蜘蛛蘭產生同心環(huán)紋、葉片畸形、壞死斑等癥狀。本研究從云南省不同地區(qū)選出6份HCRV單獨侵染的蜘蛛蘭樣本，通過RT-PCR、克隆、轉化、測序和拼接，獲得6份樣本的HCRV分離物RNAS序列。6個分離物S序列長度在2714～2747nt之間，其上編碼的非結構蛋白NSs（Nonstructural protein by the SRNA）的NSs基因是1332nt，編碼N（Nucleocapsid）蛋白的N基因是825nt。通過生物信息學分析，確定了不同HCRV株系間的關系。同時對SRNA序列及其所編碼的非結構蛋白NSs及核殼體蛋白N進行突變和重組分析，確定這6個HCRV分離物的RNAS序列均存在突變和重組事件。結合6個分離物采集地的環(huán)境信息，可以看出氣候類型、溫度等環(huán)境差異很大，因此推測云南省多樣的氣候類型跟HCRV在云南省的廣泛分布有關，在這6個HCRV分離物中檢測到的快速突變和重組可能是導致HCRV快速適應不同環(huán)境，分布范圍廣泛的原因之一。最后，通過系統(tǒng)進化分析，推測采集自云南省保山市的HLS—TCRH是6個HCRV分離物中最先開始進化的，由它分為兩個進化支，一支包括玉溪的YN—YX—HT-1和德宏瑞麗的HLS—YNRL-1，另一支包括昆明的HLS—YL，紅河的HLS—HHXY以及臨滄的HLS—LC—YLHW。
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