東海帶魚(Trichiurus japanicus)肝臟轉(zhuǎn)錄組SSR和SNP特征分析
關(guān)鍵詞：東海帶魚 轉(zhuǎn)錄組 ssr snp
摘要：本研究以東海帶魚轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),采用MISA軟件進行SSR篩選,利用Samtools和GATK進行SNP篩選,并進行SSR和SNP的特征分析。結(jié)果共獲得SSR49311個,其中完整的微衛(wèi)星共有44625個,復(fù)合型SSR數(shù)目為4687個。SSR片段長度11~374bp。重復(fù)長度小于20bp的序列,有30997條,其中長度在12~20bp的SSR為7523個,約占總數(shù)的29.35%,呈中等多態(tài)性,重復(fù)長度大于20bp長序列為13627個,約占總數(shù)的53.18%,呈較高多態(tài)性;共獲得SNP位點數(shù)876199個,其中顛換335218個,轉(zhuǎn)換540981個,轉(zhuǎn)換、顛換比例為1.61∶1。在非編碼區(qū)的SNP數(shù)量為578020個;在編碼區(qū)的SNP總數(shù)298179個,在編碼區(qū)的堿基轉(zhuǎn)換類型中C→T占比最高,為22.09%。另本研究提供了SSR和SNP原始引物各10對。研究結(jié)果可為今后帶魚的分子標記開發(fā)、遺傳連鎖圖譜構(gòu)建以及種質(zhì)資源保護等提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。
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