云南省家鼠疫源地鼠疫耶爾森氏菌分子流行病學(xué)特征研究
關(guān)鍵詞：鼠疫 云南 家鼠 多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析
摘要：目的探討云南家鼠疫源地鼠疫菌在云南鼠疫菌遺傳進(jìn)化上所處的位置,及其種群流行演化規(guī)律。方法按照不同地點(diǎn)、時(shí)間及分離源隨機(jī)選取186株家鼠疫源地鼠疫菌,采用差異區(qū)段(DFR)、規(guī)律成簇的間隔短回文重復(fù)序列(CRISPRs)及多位點(diǎn)可變數(shù)目串聯(lián)重復(fù)序列分析(MLVA)3種方法進(jìn)行分子分型分析;以DFR+CRISPRs雙重方法聚類分析劃分基因簇,以MLVA26對(duì)基因簇再次聚類分析劃分亞簇。結(jié)果 186株家鼠疫源地鼠疫菌中的184株聚為一個(gè)簇(家鼠鼠疫簇),其余2株為獨(dú)立株;近史流行期、復(fù)燃流行期和2016年疫情分離株分別處于不同的亞簇,它們之間的位點(diǎn)差異至少有5個(gè);復(fù)燃流行期菌株共有5個(gè)亞簇和6個(gè)獨(dú)立株,其中2個(gè)亞簇為主要的基因亞簇,即滇西亞簇和滇西南-滇東-廣西-貴州亞簇,它們之間有4個(gè)位點(diǎn)差異。結(jié)論家鼠鼠疫菌是云南鼠疫菌中最晚出現(xiàn)的菌株,近史流行期菌株與復(fù)燃流行期菌株菌株存在較大差異,而復(fù)燃流行期的鼠疫流行是復(fù)燃和擴(kuò)散并存的結(jié)果。
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