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幽門螺桿菌ddlA基因的克隆及生物信息學(xué)分析
關(guān)鍵詞：幽門螺桿菌 基因克隆 生物信息學(xué)
摘要：目的克隆幽門螺桿菌(Helicobacter pylori,Hp)D-丙氨酸-D-丙氨酸連接酶A(D-alanine-D-alanine ligase A, DdlA)基因ddlA編碼區(qū),并對(duì)其進(jìn)行測(cè)序和生物信息學(xué)分析。方法以MEL-Hp27菌株基因組DNA為模版,PCR擴(kuò)增ddlA基因編碼區(qū);將ddlA基因與真核表達(dá)載體pcDNA3.1(+)連接,構(gòu)建重組表達(dá)載體;測(cè)序獲得ddlA基因序列,利用生物信息學(xué)軟件對(duì)編碼DdlA蛋白的理化性質(zhì)、結(jié)構(gòu)特點(diǎn)進(jìn)行分析。結(jié)果 MEL-Hp27 ddlA基因的編碼區(qū)長(zhǎng)為1 044 bp,編碼347個(gè)氨基酸;編碼的DdlA蛋白是一種性質(zhì)穩(wěn)定的親水蛋白,相對(duì)分子質(zhì)量為39.61×10~3,屬于D-ala-D-ala連接酶N端家族;DdlA蛋白無(wú)跨膜區(qū)和信號(hào)肽,具有磷酸化位點(diǎn)和O-糖基化位點(diǎn);二級(jí)結(jié)構(gòu)中α-螺旋占36.02%,無(wú)規(guī)卷曲Cc占42.36%,延伸鏈Ee占18.73%,β-轉(zhuǎn)角Tt占2.88%。DdlA蛋白含有7個(gè)B淋巴細(xì)胞和15個(gè)CTL細(xì)胞相關(guān)抗原表位。結(jié)論成功克隆了Hp27 ddlA基因,構(gòu)建了該基因的真核表達(dá)載體,表達(dá)的DdlA蛋白含有B、T淋巴細(xì)胞抗原表位,為研究Hp DdlA蛋白基因在Hp感染致病及防治中的作用提供了理論依據(jù)。
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