基于RNA-seq數(shù)據(jù)的栽培種花生SSR位點(diǎn)鑒定和標(biāo)記開(kāi)發(fā)
關(guān)鍵詞：花生 ssr位點(diǎn) 基因關(guān)聯(lián)ssr標(biāo)記 物理圖譜
摘要：【目的】鑒定花生RNA-seq數(shù)據(jù)中的SSR位點(diǎn),明確轉(zhuǎn)錄組中SSR位點(diǎn)的分布和結(jié)構(gòu)特點(diǎn),開(kāi)發(fā)與花生基因相關(guān)聯(lián)的SSR標(biāo)記,為花生重要功能基因的挖掘、等位變異研究和分子標(biāo)記輔助育種奠定基礎(chǔ)?！痉椒ā扛鶕?jù)栽培種花生全生育期中22種不同類型的組織RNA-Seq數(shù)據(jù),使用MISA軟件分析SSR位點(diǎn)分布及特征,采用Primer 3設(shè)計(jì)基因關(guān)聯(lián)的SSR引物,并利用電子PCR軟件對(duì)引物的質(zhì)量進(jìn)行檢測(cè),隨機(jī)合成38對(duì)引物,進(jìn)行多態(tài)性檢測(cè)?！窘Y(jié)果】從52280條轉(zhuǎn)錄本中共鑒定19143個(gè)SSR位點(diǎn),分布于14084條轉(zhuǎn)錄本,發(fā)生頻率為26.94%。重復(fù)單元類型為單核苷酸—五核苷酸,以單核苷酸和三核苷酸為重復(fù)單元的SSR位點(diǎn)數(shù)最多,分別占位點(diǎn)總數(shù)的39.24%和38.40%。各重復(fù)單元優(yōu)勢(shì)基序類型分別為A/T、AG/CT、AAG/CTT、AAAG/CTTT和AACAC/GTGTT,占所在重復(fù)單元中的比例分別為97.62%、72.01%、30.96%、24.59%和16.67%。重復(fù)單元的重復(fù)次數(shù)為5—47次,單個(gè)SSR位點(diǎn)的長(zhǎng)度的分布范圍為10—47 bp,基序長(zhǎng)度主要集中在10—14 bp;復(fù)合SSR位點(diǎn)的長(zhǎng)度范圍為21—249 bp,以31—40 bp為主。鑒定的SSR位點(diǎn)中共有13477個(gè)SSR位點(diǎn)可以進(jìn)行引物設(shè)計(jì),其中5020條轉(zhuǎn)錄本序列對(duì)應(yīng)到特定的基因,共包含5859個(gè)可進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的SSR位點(diǎn),這些SSR位點(diǎn)在A基因組和B基因組共20條染色體上不均勻分布,其中B03染色體上SSR位點(diǎn)最多,為484個(gè)。對(duì)特定基因SSR引物進(jìn)行電子PCR檢測(cè),在A.duranensis、A.ipaensis、A.hypogaea基因組中有效擴(kuò)增位點(diǎn)分別為4468、4929和10188個(gè),有效引物數(shù)分別為3968(67.74%)、4232(72.25%)和5174(88.33%)對(duì),在A.hypogaea基因組中,SSR引物擴(kuò)增位點(diǎn)主要以2個(gè)位點(diǎn)為主,其中,有1477對(duì)引物單位點(diǎn)擴(kuò)增。根據(jù)SSR引物擴(kuò)增位點(diǎn)在栽培種花生基因組中的位置信息繪制了SSR位點(diǎn)的物理圖譜。在38對(duì)SSR引物中,共有35對(duì)(92.1%)SSR引物可以擴(kuò)增出清晰的條帶,其中,有11對(duì)(28.9%)SSR引物在2個(gè)品種間擴(kuò)增?
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