基于貢獻度排序的腎透明細胞癌串擾通路分析
關鍵詞：通路串擾 貢獻度 差異表達基因 腎透明細胞癌
摘要：基于基因信號傳導通路理解生物過程,已成為探索疾病致病機理的重要手段。通常采用單一通路中差異表達基因數(shù)量的方法來衡量通路對疾病發(fā)生和后續(xù)發(fā)展的影響,而忽略基因間的相互擾動影響及通路間的串擾關系。因此,提出一種基于通路貢獻度排序的串擾分析方法,以分析通路間的相互串擾在腎透明細胞癌(KIRC)致病機理中的影響。首先,利用信號通路影響分析(SPIA)方法對KIRC相關的通路進行貢獻度排序;其次,結合距離相關性(DC)算法,分別計算在患病樣本和健康樣本中高貢獻度信號通路之間的串擾值;最后,計算患病樣本和健康樣本通路串擾差值,篩選出串擾變化值高于0.1的串擾通路。結果表明,在21條KIRC患病前后串擾關系變化值較大的串擾通路中,愛潑斯坦-巴爾病毒信號通路與ErbB信號通路患病和健康樣本串擾關系差值變化為-0.12,腎細胞癌信號通路與ErbB信號通路差值變化為-0.20,帕金森病信號通路與蛋白質在內質網中加工信號通路差值變化為-0.14,金黃色葡萄球菌感染信號通路與11條信號通路之間的串擾均發(fā)生了顯著的變化,差值變化在0.11~0.13之間。同時,分子生物學分析可驗證這些通路間串擾的顯著變化對KIRC的發(fā)生和發(fā)展具有重要影響。該方法可有效地探索已知及潛在與KIRC致病機理密切相關的失調信號傳導通路。
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