人支氣管上皮HBE細(xì)胞中p53相關(guān)的放射誘導(dǎo)表達(dá)長(zhǎng)鏈非編碼RNA的鑒定和生物功能預(yù)測(cè)分析
關(guān)鍵詞：長(zhǎng)鏈非編碼rna p53 支氣管上皮細(xì)胞
摘要：目的鑒定人支氣管上皮HBE細(xì)胞中p53相關(guān)的γ射線(xiàn)誘導(dǎo)表達(dá)的長(zhǎng)鏈非編碼RNA(lncRNA)分子,為研究與p53關(guān)聯(lián)的lncRNA分子在放射損傷反應(yīng)如上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化中的作用機(jī)制提供信息。方法使用CRISPR-Cas9基因編輯技術(shù)構(gòu)建p53敲除的人支氣管上皮細(xì)胞(HBEp53-/-),Western印跡法檢測(cè)P53表達(dá)水平,lncRNA芯片雜交分析lncRNA表達(dá)譜的改變,實(shí)時(shí)定量RT-PCR分析驗(yàn)證部分lncRNA分子的表達(dá)變化,生物信息學(xué)技術(shù)分析差異變化lncRNA的生物學(xué)功能。結(jié)果與野生型HBE細(xì)胞相比,HBEp53-/-細(xì)胞在照射后有239條lncRNA出現(xiàn)上調(diào)表達(dá),287條出現(xiàn)下調(diào)表達(dá)。上調(diào)和下調(diào)表達(dá)前5位lnc RNA的差異表達(dá)變化經(jīng)PCR得到驗(yàn)證。生物信息學(xué)GO分析表明,前10位差異表達(dá)的lncRNA的靶基因主要涉及β3腎上腺素受體結(jié)合蛋白、酪氨酸激酶活性蛋白、DNA結(jié)合蛋白、鋅離子跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)體蛋白、突觸融合蛋白結(jié)合蛋白和泛素結(jié)合蛋白等分子功能。KEGG分析表明,差異表達(dá)lnc RNA的靶基因功能的生物體系統(tǒng)主要涉及感知、神經(jīng)、免疫、內(nèi)分泌、環(huán)境適應(yīng)、發(fā)育和循環(huán)系統(tǒng)等。結(jié)論鑒定了人支氣管上皮HBE細(xì)胞中與p53相關(guān)的放射誘導(dǎo)lncRNA分子;經(jīng)生物信息學(xué)預(yù)測(cè),發(fā)現(xiàn)這些lncRNA分子在細(xì)胞照射應(yīng)答過(guò)程中,涉及多種生理功能,參與多個(gè)功能信號(hào)通路。
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